日本三年签证是可以办理多次入境的，但是需要注意以下几点：
1.持有人在签证有效期内每次入境时间不能超过90天，否则就视为非法滞留。
2.持有人需要在签证到期前90天内到日本入境管理厅办理签证更新手续，否则将无法再次入境。
3.持有人需要确保签证有效期内有足够的资金证明以及合法的旅行目的，否则可能会被拒绝入境。
综上所述，持有日本三年签证可以多次入境，但需要遵守相应的规定和要求。
